Have a seat. は、おかけください、という意味です。Sit down. は、座れ、という命令文で、かなり失礼であり、大人のエリートネイティブは、使わない。使うとしても、自分の子供に対して等、ごく稀な時。これは、Please をつけて、Sit down, please.としても…